دقایقی در سال 1349 در کنکور هنرستان شرکت ملی نفت شرکت کرد و موفق به تحصیل در این هنرستان شد در همان جا با محسن رضایی (فرمانده سابق کل سپاه) آشنا شد.
سال دوم هنرستان که جشن های 2500 ساله شاهنشاهی درحال برگزاری بودند در خیابان 24 متری اهواز می خواست مجسمه ی رضا خان را منفجر کند که مواد منفجره به درستی عمل نکرد. به علت این نوع فعالیت ها در سال 1353 همراه با محسن رضایی توسط ساواک دستگیر شده و به زندان افتاد و بعد از چند ماه آزاد شد. او در سال1355 برای دومین بار دستگیر و زندانی شد و پس از چند ماه شکیبایی، این بار نیز از زندان آزاد شد، هر چند بعد از آزادی، به خاطر مشغولیت درگروه چریکی “منصورون” از هنرستان اخراج شد، ولی در همان سال در رشته آبیاری دانشکده کشاورزی دانشگاه اهواز قبول شد و دو سال در این رشته به تحصیل پرداخت اما دوباره در کنکور شرکت کرد و به دانشکده علوم تربیتی دانشگاه تهران که از نظر سیاسی، علمی و مذهبی برای او شایسته تر از دیگر مراکز علمی بود، وارد شد. قبل از انقلاب و تقریبا در آغاز سال 1357 ازدواج کرد که حاصل آن یک دختر و یک پسر به اسم ابراهیم است.
دقایقی پس از انقلاب
دقایقی با عده ای از هم اندیشان خود در سال 1358 جهاد سازندگی آغاجاری را در استان خوزستان احداث کرد و پس از چندی در اوایل مرداد 1358 مسئولیت تشکیل سپاه آغاجاری را به عهده گرفت. بعد ازگذشتن یک سال با همکاری علی شمخانی سپاه خوزستان را تشکیل دادند و مسئول دفتر هماهنگی سپاه خوزستان شد. قبل از حمله نظامی عراق به ایران زمانی که از وضعیت خرمشهر مطلع شد به همراه شهید جهان آرا نقش مهمی در واگذاری سلاح و مهمات در تدارک رزمی مردم منطقه ایفا کرد.
دقایقی در دفاع مقدس
با شروع جنگ ایران و عراق، اسماعیل دقایقی نماینده سپاه پاسداران در اتاق جنگ لشکر 92 زرهی در اهواز شد و بعد از آزاد سازی خرمشهر در عملیات بیت المقدس، سرپرست یگان حفاظت از اشخاص سرشناس در قم و استان مرکزی شد و بعد از آن دوباره با حکمی از روح الله خمینی با مضمون ضرورت حضور افراد تاثیر گذار در جبهه، به منطقه جنوب بازگشت.
دقایقی در روند احاطه ی شهر سوسنگرد توسط نیروی زمینی عراق به سختی از محاصره خارج شد و در کنار شهید حسین علم الهدی درگسستن محاصره ی سوسنگرد جسورانه مبارزه کرد. در عملیات فتح المبین نیز در قرارگاه لشکر فجر با مجید بقایی که در آن موقع فرمانده قرارگاه فجر بود همکاری داشت.
افتتاح دوره عالی مالک اشتر
این دوره که مختص فرماندهان گردان بود، در جهت عملکرد بیشتر افرادی که در جنگ تجربه های بسیار و شایستگی فرماندهی را داشتند توسط شهید دقایقی با نام دوره عالی مالک اشتر راه اندازی شد. ایشان با هوشمندی تک تک آنها را می شناخت و با دقت انتخاب می کرد تا در عین آموزش اصول جنگ، آرایش و تاکتیک های نظامی، افراد توانا و برگزیده را، برای به کارگیری مسئولیت فرماندهی معرفی کند و البته خود نیز در این دوره شرکت کرد.
در زمان برگزاری “طرح مالک اشتر”، عملیات خیبر در منطقه جزایر مجنون انجام شد و شهید دقایقی فرماندهی یکی از گردان های خط مقدم را در این نبرد به یادماندنی به عهده گرفت.
بعد از مدتی در نظام بخشیدن به لشکر 17 علی ابن ابیطالب در کنار شهید مهدی زین الدین، دستاوردهای شگرفی به جبهه و جنگ ارائه داد.
فرمانده قلب ها
هنگامی که فرماندهی تیپ بدر را به عهده گرفت به باورها و اهداف و آرمان های زندگی اش جامه عمل پوشاند دقایقی برای سازماندهی و اداره این لشکر زحمات زیادی کشید از جمله یاد گرفتن کامل زبان عربی، آموختن ویژگیها و فرهنگ عراقیها، و درک تفاوتهای ناشی از تفاوت فرهنگ و بینش نیروهای مجاهدین عراقی و اسرای عراقی جزو سختیهای کار فرماندهی تیپ بدر بود. و در مدت زمان کمی توانست یگان قدرتمندی را راه اندازی کند. تیپ ۹ بدر متشکل از نیروهای مجاهدین عراقی و بعدها اسرای عراقی داوطلب (که به نام احرار شناخته میشدند) بود، که توسط محسن رضایی؛ فرمانده وقت سپاه پاسداران راهاندازی شد و اسماعیل دقایقی نیز بهعنوان نخستین فرمانده این تیپ، از سوی رضایی، منصوب گردید. در عملیات بدر این تیپ، منطقه «الترابه» در هور الهویزه را آزاد کرد. تیپ بدر در عملیاتهای عاشورا، قدس ۴، کربلای ۲، کربلای ۴ و کربلای ۵ نیز نقش پر رنگی داشت .تیپ بدر در عملیات مرصاد نیز بعنوان یگان عملکننده حضور داشت.
رزمندگان این تیپ اسماعیل را عاشقانه دوست می داشتند و او را از جامعه خود می دانستند مهر او در قلب های تک تک آنها جای داشت، فرماندهی لایق و از دیار دوستی که با آنها صبورانه رفتار می کرد و از سرکشی و نظارت برخانواده شهدا نیز غافل نبود.
لحظه ی پرواز به ابدیت عشق
زمانی که ماموریت اجرای عملیات کربلای 5 به فرماندهی لشکر 9 بدر، ابلاغ شد دقایقی برای آماده سازی گردان ها به پادگان آمد. صبح یکشنبه وقتی که زمستان به فصل دوم خود رسیده در 28 دی ماه سال 1365، اسماعیل می خواست با یک دستگاه موتور سیکلت برای شناسایی به خط برود با یکی از همرزمان به سمت خط مقدم حرکت کرد به ناگه در مسیر متوجه شدند هواپیمای دشمن در همان حوالی در حال پرواز است به ناچار موتور را متوقف کردند و به سمت کانال هایی که در آن نزدیکی بود حرکت کردند که ناگهان بمب های خوشه ای دشمن به زمین خورد و هر دو زخمی شدند اسماعیل که از ناحیه پا جراحت داشت به همراه همرزمش به سختی خود را به کانال رساند آنها چند متر جلوتر از کانال سنگری را دیدند به سمت آن حرکت کردند که به یک باره صدای سوت راکتی توجه آنها را به خود جلب کرد خیلی سریع به حالت نیم خیز درآمدند. راکت منفجر شد کانال به شدت تکان خورد هر دو به سویی پرتاب شدند گرد و خاک همه جا را فرا گرفته بود لحظه پرواز به ابدیت عشق فرا رسیده بود، و اسماعیل آرمیده بود.
بخشی از وصیت نامه شهید دقایقی
ربنا افرغ علينا صبراً و ثبت اقدامنا و انصرنا علي القوم الکافرين
خدايا! امت اسلام را صبر و استقامت عطا فرما تا در مقابل دشمنان خدا و کافرين، پايداری و سپس بر آنان غلبه کنند. خدايا شهادت میدهم که غير از تو خدايی نيست و محمد (ص) رسول و فرستاده توست و علی (ع) وصی رسول خداست.
سلام بر خاندان عصمت و طهارت. درود بر خمينی کبير و سلام بر روحانيت معظم و امت حزب الله.
خدايا از تو میخواهم هنگامی که شيطان به سراغم میآيد، تو او را دور کنی و مرا قوت و آرامش عطا فرمايی که “لا حول و لا قوه الا بالله العلی العظيم”
پدر و مادر گرامی در مقابل شما شرمندهام که توفيق خدمت به شما و اجرای حقوق شما خيلی کم نصيبم شد. بدانيد که «انا لله و انا اليه راجعون». ان شاءالله خداوند به شما صبرعطا کند و شما از جمله کسانی باشيد که مردم و خصوصاً خانوادهی شهدا، اسرا و معلولين را دلداری بدهيد و من هم دعاگوی شما هستم.