او در سال 1361، فرماندهی سپاه پاسداران قم را عهدهدار شد و از شهر کرد، عازم شهر قم گشت. با ورودش به سپاه قم، به ساماندهی و مدیریت تشکیلات سپاه پرداخت و شبانهروز در این خصوص فعالیت گستردهای را ارائه داد. دوستان و همکارانش در این مورد نیز صحبت نمودند:« در قم، دایرۀ کار سید خیلی وسیع بود. به همین خاطر، صبح اول وقت به سپاه میآمد و آخر شب به منزل میرفت. به بُعد فرهنگی و نظامی سپاه پاسدارن توجهی خاص داشت. درکنار این کارها و به رغم مسئولیت سنگین، به مشکلات رفاهی پاسداران نیز رسیدگی میکرد. در حالیکه خودش در یک خانۀ محقر و بسیار ساده زندگی میکرد؛ اما در طول اقامتش در سپاه قم، مشکل مسکن تعداد زیادی از برادران پاسدار را حل و آنان را صاحب خانه کرد.»
آخرین فرماندهی
سید احمدعلی نبوی در سال 1362، به سمت فرماندهی پایگاه سپاه «شهرری» منصوب شد و تا لحظه شهادت در این منصب باقی ماند. او تشکیلات سپاه شهرری را از پایگاه، به ناحیه تبدیل کرد و برای گسترش و پیشرفت آن، با پیگیریهای فراوان موفق شد تا از شهرداری زمین گرفته و ساختمان جدیدی را بسازد.
همینطور، طبق روال همیشگیاش، توجه بسیاری به جنبۀ فرهنگی سپاه داشت و به تقویت آن میپرداخت. او با اینکه به گسترش وتقویت سپاه توجه میکرد، اما از پشتیانی جبههها و ارسال نیرو و تجهیزات به آنجا غافل نبود و ضمن تلاش، هرگاه که فرصتی در اختیارش قرار میگرفت، رهسپار جبهه میشد.
استراحت برای سید، معنایی نداشت اما ترکش داغ و جانسوز، در میان آبهای اروند، سید احمدعلی نبوی را وادار به خوابی عمیق و ابدی کرد…
24 بهمن ماه سال 1364، زمانی که 35 سال بیشتر نداشت، در جریان عملیات گستردۀ والفجر 8، اتفاق فراموش نشدنی و جانگدازی رخ داد. سید احمد، مورد اصابت ترکش توپ قرار گرفته و افتخار شهادت را نصیب خود کرد. یکی از همرزمانش که در زمان شهادت ایشان، شاهد ماجرا بود، نقل میکند:« با حاجآقا نبوی، از اروند گذشتیم که به فاو برویم. درگیری بهشدت ادامه داشت. نتوانستیم جلوتر برویم و مجبور شدیم که بازگردیم. آمدیم کنار اروند رود. چند دقیقه در یک سنگر نشستیم تا آتش دشمن فروکش کند. مقداری از شدت آتش کم شد. یک قایق آمد و سوار شدیم. یک بسیجی با نشاط، قایق را میراند. یک دوربین هم، دستش بود که از ما چند تا هم عکس گرفت.
وسط اروند بودیم که صدای مهیبی در گوشم خال انداخت. یک لحظه حس کردم کمرم سوخت. به کمرم دست زدم دستم گرم شد؛ ترکس به کمرم خورده بود. چند تا ترکش هم به بسیجی اصابت کرده بود و از سر و صورتش خون میریخت. درد در تمام وجودم میپیچید. به حاجآقا نبوی نگاه کردم. آرام گوشه قایق نشسته بود. فکر نمیکردم که ترکش خورده باشد. از حالش جویا شدم، با اشاره چشم گفت که طوری نیست.
بسیجی با هر سختی که بود، قایق را تا کنار اروند هدایت کرد. آقای «فشکی» رسید و ما را به اورژانس صحرایی منتقل کرد. تازه فهمیدم که حاجآقا هم زخمی است. فکر میکردم باید خیلی سطحی باشد. اورژانس کنار اروند بود، ترکش را از کمرم در آوردند. داشتم به اهواز منتقل میشدم که یک لحظه چشمم به حاجآقا نبوی افتاد که روی تخت افتاده بود. دو-سه تا دکتر داشتند روی قلبش کار میکردند. یک لحظه دست از کار کشیدند و صلوات فرستادند. نزدیک بود قلبم بایستد.حاجی آرام و با هیمنه روی تخت خوابیده بود و تبسم همیشگی روی لبش بود.»